بخش تحقیقات دانه های روغنی از سال 1348 فعاليت هاي خود را با هدف زراعت و توسعة كشت دانه‌‌‌هاي روغني آغاز کرده است. توسعة ارتباطات تحقيقاتي با مراكز بين‌المللي و دانشگاه‌‌‌هاي معتبر داخلي و خارجي، اعزام محققان به مؤسسات تحقيقاتي و بازديد‌‌هاي علمي، شركت در سمينار‌‌ها و سمپوزيوم هاي بين‌المللي، تربيت نيروي انساني متخصص، مبادلة اطلاعات و دريافت ژرم‌پلاسم از كشور‌‌هاي پيشرو، توانمندي‌‌‌هاي علمي و فني ارزشمندي را در اين بخش در راستاي تحقق اهداف مربوط پديد آورده است. هر ساله، برنامه هاي تحقيقاتي اين بخش به‌طور ميانگين در قالب 60 پروژه تحقيقاتي در ستاد مؤسسه (كرج) و 34 مركز تحقيقات كشاورزي و ايستگاه‌هاي تابع با مشاركت بيش از 40 نفر عضو هيات علمي و محقق بر روي شش گياه روغني آفتابگردان، سويا، كلزا، كنجد، گلرنگ و بادام زميني انجام مي‌شود.

وابستگي شديد كشور به واردات روغن و كنجاله از خارج و نيز اهميت اين فرآورده ها در تغذية انسان و دام سبب توجه ويژه به دانه‌‌‌هاي روغني و تحقيقات آنها در سال های اخير شده است.

اين بخش، به منظور تاثير گذاري در قطع وابستگي به خارج در تامين روغن مورد نياز كشور ضمن بكارگيري کلیة توانمندي‌‌ها اعم از نيروي انساني، امكانات و تجهيزات، شناخت دقيق فرصت ها و سرمايه هاي بومي و منطقه اي، توسعة برنامه هاي به نژادي در تهية ارقام هيبريد و آزاد گرده افشان، تعميق بررسي هاي به‌زراعي در مناطق مختلف كشور، مكان‌يابي و تعيين جايگاه هاي خاص كشت گيا‌‌هان روغني، اهداف كلان زير را با در نظر گرفتن افق‌‌‌ها و چالش‌‌هاي فرآرو، در صدر اولويت هاي تحقيقاتي خود باز تعريف کرده است:
توجه ويژه به پتانسيل هاي داخلي و دانش بومي به ويژه در زمينة تهية مواد ژنتيكي و ژرم‌پلاسم، اصلاح و معرفي ارقام پرمحصول جديد، ايجاد ارقام متحمل به بيماري ها، توليد ارقام متحمل به تنش هاي محيطي مانند خشكي، شوري و سرما، بهره‌‌گيري از روش هاي تكميلي مانند نشانگر‌‌هاي مولكولي و پروتئيني و دابلد هاپلوئيدي، گسترش همكاري‌‌‌هاي علمي، فني و تحقيقاتي با مراكز بين‌المللي با هدف تربيت و آموزش نيروي انساني و سرانجام انتقال يافته‌‌‌هاي تحقيقاتي به جامعة كشاورزي از جمله اهدافي هستند كه اين بخش در آينده نسبت به تحقق هرچه بيشتر آنها همت می گمارد.